Monthly Archives:mayo 2015

Scopus. Haplotipo reconstrucción basada en la frecuencia de los datos de secuenciación profunda de las poblaciones bacterianas

26 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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El artículo científico Frequency-based haplotype reconstruction from deep sequencing data of bacterial populations ha sido publicado por la revista  Nucleic Acids Research Nucl. Acids Res. (2015) doi: 10.1093/nar/gkv478 y forma parte del proyecto Smartland “Diseño de Estrategias de biorremediación basadas en consorcios planta-microorganismos Para La Recuperación de suelos Contaminados por la Actividad Minera en la provincia de Zamora-Chinchipe

Autores:

  1. Sergio Pulido-Tamayo1,2,3,
  2. Aminael Sánchez-Rodríguez2,4,
  3. Toon Swings2,
  4. Bram Van den Bergh2,
  5. Akanksha Dubey2,
  6. Hans Steenackers2,
  7. Jan Michiels2,
  8. Jan Fostier1 and
  9. Kathleen Marchal1,2,3,*

1Department of Information Technology, Ghent University, iMinds, 9050 Gent, Belgium, 2Department of Microbial and Molecular Systems, Centre of Microbial and Plant Genetics, KU Leuven, Kasteelpark Arenberg 20, 3001 Leuven, Belgium, 3Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics, Ghent University, 9052 Ghent, Belgium and 4Departamento de Ciencias Naturales, Universidad T´ecnica Particular de Loja, San Cayetano Alto S/N, EC1101608 Loja, Ecuador

RESUMEN:

Las poblaciones microbianas son sujeto de una evolución constante con el fin de generar variabilidad y adaptarse al medio en que se desarrollan.  La secuenciación de dichas poblaciones, mediante técnicas como Illumina, podría proporcionar en principio, la información necesaria para reconstruir los diferentes haplotipos que en estas ocurren así como su frecuencia relativa. Conocer esta información es crucial para el diseño de aplicaciones biotecnológicas,  basadas en  poblaciones microbianas que presentan fenotipos de interés, como aquellas capaces de movilizar metales pesados desde el suelo hasta los tejidos de especies vegetales con las que se asocian. Sin embargo, la  reconstrucción de haplotipos no es trivial, y se dificulta principalmente por la relativa baja frecuencia mutacional, presente en poblaciones bacterianas.  Por tal motivo es que presentamos EVoRhA “Evolutionary reconstruction of haplotypes”, un nuevo algoritmo que reconstruye la diversidad bacteriana presente en muestras de  suelo libre y suelo asociado a la micorriza de especies vegetales capaces de acumular contaminantes que se derivan de la actividad minera. 

 

ABSTRACT
Clonal populations accumulate mutations over time, resulting in different haplotypes. Deep sequencing of such a population in principle provides information to reconstruct these haplotypes and the frequency
at which the haplotypes occur. However, this reconstruction is technically not trivial, especially not in clonal systems with a relatively low mutation frequency. The low number of segregating sites in those
systems adds ambiguity to the haplotype phasing and thus obviates the reconstruction of genomewide haplotypes based on sequence overlap information. Therefore, we present EVORhA, a haplotype reconstruction method that complements phasing information in the non-empty read overlap with the frequency estimations of inferred local haplotypes. As was shown with simulated data, as soon as read
lengths and/or mutation rates become restrictive for state-of-the-art methods, the use of this additional frequency information allows EVORhA to still reliably reconstruct genome-wide haplotypes. On real data,
we show the applicability of the method in reconstructing the population composition of evolved bacterial populations and in decomposing mixed bacterial infections from clinical samples.

 

Resultados del Foro Latinoamericano y del Caribe sobre Desarrollo Económico Territorial (DEL): su dimensión estratégica en los ámbitos social, económico y ambiental y la vinculación de la Universidad (Quito, 18 y 19 de mayo).

21 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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Le gerente de Smart Land, Fanie V.Thibeault, pudo socializar Smart Land en el marco del Foro Latinoamericano y del Caribe sobre Desarrollo Económico Territorial (DEL): su dimensión estratégica en los ámbitos social, económico y ambiental y la vinculación de la Universidad (Quito, 18 y 19 de mayo).  El evento fue co-organizado por el Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo

El objetivo del foro fue facilitar el dialogo y el intercambio entre actores locales, nacionales e internacionales sobre desarrollo económico local frente a los grandes desafíos que vive la región de América Latina y del Caribe a partir de las experiencias e innovaciones de una amplia diversidad de actores.  Permitió, entre otros:

  • Socializar y posicionar buenas practicas y propuestas de políticas publicas de DEL a nivel territorial
  • Generar alianzas para una mayor incidencia en la agenda global latinoamericana
  • Contar con un cuadro dinámico del aporte y vinculación de las universidades en la promoción del DEL

 

Mesa-1-Congreso-Quito-F-T

Scopus. Periodismo en la Audiencia de Quito: Seis iluminados en la historia del periodismo de Ecuador

may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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El artículo científico “Periodismo en la Audiencia de Quito: Seis iluminados en la historia del periodismo de Ecuador” ha sido publicado por la revista e-revist@s ; Volume: 20, Issue: 2, Publisher: Universidad Complutense de Madrid, Pages: 1177-1194; ISSN: 19882696; DOI: 10.5209/rev-ESMP.2014.v20.n2.47058

Autores: María Isabel Punín Larrea mipunin@utpl.edu.ec (1), Ketty Daniela Calva Cabrera (1)

(1) Universidad Técnica Particular de Loja  Ecuador

RESUMEN:

La historia del periodismo en Ecuador inicia con la publicación de Primicias de la Cultura de Quito (1792), periódico que entre otras cosas buscó difundir la cultura y literatura de los ecuatorianos de aquel entonces. El periodismo ecuatoriano está marcado por la presencia de Eugenio Espejo, una de las grandes mentes en la historia del Ecuador; junto a él, anotamos a otros hombres trascendentales: Fray Vicente Solano, Juan María Montalvo Fiallos, Manuel de Jesús Calle Pesantes, Benjamín Carrión Mora y Alejandro Carrión Aguirre, puntuales del empuje intelectual de las sociedad ecuatoriana. El presente artículo evidencia la influencia que su pensamiento tiene en el periodismo de la época, cimiento del ejercicio periodístico en la actualidad.

ABSTRACT

The history of journalism is Ecuador commences with the publication of the Early Culture of Quito (1792, official translation), a newspaper, which, among other things, disseminated the culture and literature of Ecuadorians from that period. The Ecuadorian journalism is strongly marked by the pr esence of Eugenio Espejo, one of the great minds of the Ecuadorian history. In addition, we could mention other writers of great renown such as Fray Vicente Solano, Juan María Montalvo Fiallos, Manuel de Jesús Calle Pesantes, Benjamín Carrión Mora and Alejandro Carrión Aguirre, all of whom serve as key examples of the intellectual and cultural Ecuadorian life. This paper shows the influence of Ecuadorian thought of the aforesaid era, which helped to pave the way for contemporary Ecuadorian journalism.

 

La cavia porcellus, reproducida a bajo costo, mediante modelo matemático

19 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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Procesos matemáticos y biológicos se unen en la investigación. 

En los últimos años los estudios de biotecnología reproductiva han aumentado considerablemente. Este es el caso del proyecto: “Modelo matemático para el proceso de la maduración ovocitaria in vitro de la especie de Cavia porcellus”, que ha permitido explorar un área difusa en la investigación de la ciudad y el país, debido a la relación que hace de la matemática con los fenómenos biológicos. El objetivo del proyecto es  establecer un modelo matemático que represente el proceso de maduración in vitro de ovocitos de la especie Cavia porcellus a bajos costos.

El equipo de investigación de la UTPL, para los análisis,  optó por la especie Cavia porcellus, un tipo de roedor híbrido conocido también como cobayo, conejillo de indias o cuy, debido a que son un excelente modelo para estudios de la reproducción en humanos y en animales domésticos.

Para la investigación se tomó en cuenta que uno de los factores limitantes de la producción in vitro de embriones, es la maduración de ovocitos, la cual depende de dos tratamientos que permiten su desarrollo durante la metafase II. Entre estos están: el factor de crecimiento epidérmico (EGF)  y el factor de crecimiento insulínico (IGF), teniendo finalmente como resultado que el modelo matemático establecido, permitió estimar el grado de maduración para diferentes cantidades de sustancia en los tratamientos, a través de ecuaciones de reacción-difusión.

Posibilidades de transferencia que otorga el proyecto:

  • Continuación futura de trabajos en temas afines, como apoyo a la investigación experimental realizada en laboratorio.
  • Analizar otros parámetros de la maduración citoplasmática:
  • Migración de gránulos corticales
  • Mitocondria
  • Realizar pruebas combinando las mejores opciones de los dos tratamientos probados.
  • Analizar como parámetro el índice de apoptosis (Tunel) de cada tratamiento a través de ecuaciones tipo reacción – difusión.

Asistencia a Congresos:                              

  • III Investiga UTPL. Organizado por la Universidad Técnica Particular de Loja. Mayo 2014. Loja

Conferencias realizadas:

Segundo Encuentro de Tecnologías de la Información y la Comunicación de las Universidades del Ecuador – TIC.EC 2014, 03-05 diciembre de 2014, Universidad de Cuenca.

Link de la conferencia:

Publicaciones realizadas:    

[1] Sandoval F, Cañón-Beltrán K, Cajas-Suárez Y, & Carrera R. Mathematical modelling of in vitro oocyte nuclear maturation of guinea pig (Preliminary Results). Blog-Fralbe. (2014)

Link de researchgate del autor F. Sandoval:

 

Smart Land presente en el FORO LATINOAMERICANO Y DEL CARIBE SOBRE DESARROLLO ECONÓMICO TERRITORIAL

15 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL

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En  la Mesa 2 del Tema IV:  Investigación y fomento productivo local, Smart Land, a través de su Gerente Fanie V. Thibeault, presentará la importancia de esta plataforma de investigación, en el marco del Foro Latinoamericano y del Caribe sobre desarrollo económico territorial. La mesa tendrá lugar el martes 19 de mayo de 14:30 a 17:00 en la Sala Cafetería (planta baja) del Centro de Convenciones Eugenio Espejo.

La mesa será compartida por:

– Claudia Mendoza – Docente investigadora, Universidad Autónoma de Nicaragua, Nicaragua

-Silvana López – Investigadora Instituto de Investigación y Formación en Administración Pública, Universidad Nacional de Córdoba, Argentina

– Rodrigo Mendieta Muñoz, Profesor Titular, Grupo de Investigación en Economía Regional, Universidad de Cuenca, Ecuador

-Fanie V. Thibeault – Gerente Smart Land, Universidad Técnica Particular de Loja

 

 

Universidad EAFIT Medllín Colombia

La biorremediación salta fronteras. Taller en la universidad EAFIT Medellín Colombia

may , 2015,
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La Universidad EAFIT de Medellín Colombia, publica en sus noticias el taller sobre “aplicación de la metagenómica para la bioremediación de la contaminación minera”, dicho taller fue  dictado por el investigador Aminael Sánchez de la Universidad Técnica Particular de Loja (UTPL). El profesor Correa, del Área de Ciencias Biológicas de la Escuela de Ciencias de EAFIT,  comenta: -el objetivo  es aportar una solución biotecnológica desde la biología computacional. “En Ecuador ya están en operación proyectos de este tipo, que utilizan a comunidades de microorganismos regeneradores en ambientes contaminados, proceso que logra que la zona afectada se puede recuperar más fácilmente”- . Leer artículo

 

Scopus. Utility of the ITS1 Region for Phylogenetic Analysis in Stingless Bees: a Case Study of the Endangered Melipona yucatanica Camargo, Moure and Roubik (Apidae: Meliponini)

13 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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El artículo científico “Utility of the ITS1 Region for Phylogenetic Analysis in Stingless Bees: a Case Study of the Endangered Melipona yucatanica Camargo, Moure and Roubik (Apidae: Meliponini)” ha sido publicado por la revista indexada Sociobiology 61(4): 470-477 (December,2014) DOI: 10.13102/sociobiology.v61i4.470-477

Autores: C Ruiz1 , W de J May-Itzá2 , JJG Quezada-Euán2 , P de La Rúa3

1 – Universidad Técnica Particular de Loja, Loja, Ecuador

2 – Universidad Autónoma de Yucatán, Yucatán, México

3 – Universidad de Murcia, Murcia, España

Resumen

El uso de marcadores moleculares permite caracterizar de forma precisa la biodiversidad. En esta publicación Ruiz et al. estudian la variación molecular del fragmento del espaciador transcrito interno 1 (ITS1) en dos poblaciones de una especie amenazada de abeja sin aguijón,  Melipona yucatanica.  La señal filogenética obtenida confirma la utilidad de este fragmento como un marcador filogenético potencial para este grupo de abejas. La baja variación genética encontrada entre ambas poblaciones contrasta con la alta variabilidad génica previamente reportada y ponen de manifiesto la necesidad de usar múltiples marcadores independientes para caracterizar la variabilidad de las poblaciones estudiadas.

 

Abstract

The internal transcribed spacers of the ribosomal RNA gene have been recently proposed as an appropriate marker for genetic analysis of the molecular variation of stingless bees. Herein we report the characterization of the complete ITS1 region in two populations (from Mexico and Guatemala) of the endangered Melipona yucatanica Camargo, Moure and Roubik. Phylogenetic analyses showed low genetic variation between populations but defined a geographic structure with Mexican and Guatemalan specimens forming two well supported clades. Low ITS1 genetic variation found between populations contrasts with high genetic variation found in other markers. Phylogenetic analysis corroborates the inclusion of M. yucatanica within the subgenus Melipona sensu stricto based on previous morphological studies. The results highlight the utility of the ITS1 for the characterization of stingless bee populations.

Abeja-sin-aguijón

Abeja-sin-aguijón

Scopus. Propiedades del cristal molecular Ag2(C4H4NO2)2(H2O) a partir de estudio DFT periódico.

12 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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El artículo científico Properties of the silver cyclic amide Ag2(C4H4NO2)2(H2O) crystal from the periodic DFT computations ha sido publicado por la revista de investigación científica Journal of Structural Chemistry ; Volume: 55, Issue: 4, Publisher: Maik Nauka Publishing / Springer SBM, Pages: 621-628; ISSN: 0022-4766; DOI: 10.1134/S0022476614040052.

Autores:  A. Stashans(1), D. Castillo(2)

(1) Grupo de físico-química de materiales, Universidad Técnica Particular de Loja Apartado 11-01-608 Ecuador arvids@utpl.edu.ec

(2) Escuela de electrónica y telecomunicaciones, Universidad Técnica Particular de Loja, Apartado 11-01-608 Ecuador

Resumen: 

Cristal molecular Ag2(C4H4NO2)2(H2O) fue estudiado mediante el uso de la teoria de funcional de la densidad dentro de la aproximación de gradiente generalizado (GGA). Varios funcionales de intercambio-correlación electrónica fueron considerados,  para el tratamiento computacional del sistema. Fue encontrado que,  funcional de intercambio-correlación GGA de Perdew-Burke-Ernzerhof (PBE,) es el mas adecuado para el cristal de Ag2(C4H4NO2)2(H2O). Los resultados obtenidos demuestran la posibilidad de reproducir la geometría correctamente de algunos cristales moleculares mediante cálculos periódicos, si los parámetros computacionales son elegidos adecuadamente. El trabajo, también reporta análisis del enlace químico del material y presenta densidad de estados electrónicos. Nuestros cálculos indican que el material bajo estudio puede presentar propiedades magnéticas.

 

Abstract

A molecular crystal of silver cyclic amide Ag2(C4H4NO2)2(H2O) is studied using first-principles density functional theory calculations within the generalized gradient approximation (GGA). A number of different exchange-correlation functionals are considered for a possible treatment of the system. It is found that the Perdew-Burke-Ernzerhof (PBE) GGA exchange-correlation functionals are adequate for the Ag2(C4H4NO2)2(H2O) crystal. The results obtained show the possibility to reproduce rather well the geometry of at least some molecular crystals by means of the periodic solid-state calculations if the computational parameters are chosen adequately. The present work also reports the analysis of the chemical bonding in the material and gives the total and partial density of states. Our solid-state computations point out the possible magnetic properties of the molecular crystal under study.

Scopus. Cuánto la vocación prima: La situación laboral del periodista digital en Ecuador y su formación académica

7 may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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El artículo científico “Cuánto la vocación prima: La situación laboral del periodista digital en Ecuador y su formación académica” fue publicado por la revista ComHumanitas;  Vol. 5, Núm. 1 (2014) pags. 33-45. Como conclusión el artículo expone: “En la universidad ecuatoriana la malla curricular adolece un enfoque digital. Las universidades de Ecuador aún no cuentan con una malla curricular que implemente al periodismo digital y cubra sus exigencias e infinidad de aplicaciones, así lo demuestran los datos recogidos, que afirman que las universidades en las que estudiaron no aportaron a su formación en el campo digital; a consecuencia, el retraso es evidente”

Autoras:

Ma. Isabel Punín, Ph.D. Docente de la Universidad Técnica Particular de Loja Loja, Ecuador mipunin@utpl.edu.ec

Diana Rivera Rogel, Ph.D. Docente de la Universidad Técnica Particular de Loja Loja, Ecuador derivera@utpl.edu.ec

Estudiante Pamela Cuenca Titulación de Comunicación Social de la Universidad Técnica Particular de Loja Loja, Ecuador pamscecib@gmail.com

RESUMEN

La Web 2.0 marcó una nueva etapa dentro de la comunicación, lo que obligó a los medios tradicionales a enfocarse en las tecnologías digitales y usarlas como herramientas para adaptarse a este cambio, a ello se sumó la aprobación de la Ley Orgánica de Comunicación (2013), que plantea la exigencia de un título profesional. El presente artículo muestra la situación del periodismo digital en Ecuador, los problemas que enfrentan los periodistas tradicionales con respecto a las nuevas tendencias digitales y la formación académica que recibieron. Establece un contraste entre el nivel de experiencia de los periodistas tradicionales y los digitales y el proceso de adaptación de ambos perfiles, resaltando los procesos de autoformación como clave del éxito en escenarios digitales. Las universidades de Ecuador según las estadísticas del presente artículo carecen de una oferta.

 

Juan Carlos Cisneros Gerente General de Microsoft Ecuador

Smart Land se reune con Microsoft en la UTPL

may , 2015,
Oficina de Comunicación SmartLand - UTPL
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Juan Carlos Cisneros, Gerente General de Microsoft en Ecuador, visitó las instalaciones de la UTPL, el pasado 6 de mayo, cumpliendo una agenda apretada en la cual estaba incluida una presentación de la plataforma de investigación Smart Land. La presentación de los componentes claves de la plataforma ( la recolección y el monitoreo de datos; la creación de indicadores;  la construcción de modelos predictivos y la participación ciudadana) fue realizada por  Nelson Piedra y  Fanie V. Thibeault, Director y Gerente respectivos de Smart Land.  Microsoft, por su parte,  ofreció estudiar la posibilidad de poner al servicio de Smart Land un software, Virtual Leaning Machine,  lo cual facilitaría el procesamiento de los datos almacenados.

Este acercamiento se realizó en el marco de una visión integral de la UTPL de apoyar la creación de un importante centro de datos en la provincia de Zamora Chinchipe.   Microsoft y UTPL, a través de su iniciativa institucional Smart Land, expresaron el interés de desarrollar proyectos comunes de investigación, innovación y transferencia de conocimiento relacionados con Big Data y Analítica de Datos que apoyen la gestión inteligente del territorio.